Er studierte in Heidelberg und Berlin Medizin, Chemie und Physiologie und diente dann als Arzt in der preußischen Armee. Er erhielt mehrere Tapferkeitsmedaillen in drei Preussischen Kriegen mit Dänemark, Österreich, und Frankreich und wurde einmal irrtümlich für tot erklärt.

Später wurde er Schachmeister und Journalist. Er sprach mehrere Sprachen fließend. Außerdem war ein guter Säbelfechter und Schütze und nahm Unterricht bei einem Pianisten. Er redigierte ein politisches Magazin und mehrere Schach-Magazine. Er war einer der besten Domino- und Whistspieler der Welt. Daneben war ein führender Sprecher für eine Gefängnis-Reform. 1878 wurde er englischer Staatsbürger.

Zukertort war ein glänzender Blindspieler. 1868 trat er in Berlin gleichzeitig gegen sieben Spieler an.

1878 gewann er das internationale Turnier von Paris geteilt mit Winawer vor Steinitz. Der erste Preis bestand aus einer Sevres Vase im Wert von über 5,000 Franc, welche ihm vom französischen Präsidenten überreicht wurde. Er verkaufte sie drei Tage später in einem Pfandhaus für die Hälfte des Wertes. 1883 siegte er im Turnier von London mit einem Vorsprung von 3 Punkten vor Steinitz.

Obwohl ihm sein Arzt bereits 1878 nach seinem Turniersieg in Paris abriet, weiter ernsthaft Schach zu spielen, vereinbarte er im Jahre 1886 einen Wettkampf um die Weltmeisterschaft mit Wilhelm Steinitz. Nachdem Zukertort bereits mit 4 : 1 in Führung gegangen war, verlor er den Wettkampf noch mit +5-10=5, nachdem ihn mit zunehmender Dauer die Kräfte verlassen hatten.